La idea de la creación del Yacht Club Paysandú surgió en el año 1945, cuando un grupo de deportistas, consideraron la necesidad de contar con una entidad que «fomente y practique la navegación a vela y lo náutico en general» tal como consta en su acta fundacional del 1ro. de marzo de dicho año.
La sede social, situada en Av. Salto y Costanera, cuenta con una bahía artificial para las embarcaciones, con marinas provistas de instalación eléctrica y agua potable.
Desde aquel entonces y hasta la fecha la institución, ha participado en innumerables eventos del mundo náutico.
Hoy en día, el YCP participa en diferentes competencias según el calendario anual de actividades.
También cuenta con una escuela de vela para mayores, y también para niños, en la categoría «optimist», semillero de futuros grandes navegantes.