El Yacht Club Paysandú realiza un calendario anual interno. El mismo se compone de hasta 10 fechas, alternando entre regatas marcas fijas y cruceros.
Al mismo tiempo se realiza en conjunto con clubes de la región el Campeonato Interclubes Río de los Pájaros, el mismo alberga las regatas más importantes de cada club integrando a la flota del Río Uruguay.